В 2016 г. Институтом археологии РАН проводились спасательные археологические работы (шурфовки и раскопки) с целью поиска архитектурных остатков Чудова и Вознесенского монастырей, а также Малого Николаевского дворца. При исследованиях были пройдены 8 шурфов и 3 раскопа. Наиболее интересные и важные для истории Кремля и всей России архитектурные объекты были выявлены в шурфах 3 и 4 (впоследствии обозначенных как Шурф №2 и Шурф №3).
Шурф №2 вскрыл участок фундамента юго-западной фасадной стены Малого Николаевского дворца и отходящую от него перпендикулярно стену-перегородку подвала, выполненные в ходе замены фундаментов дворца в 1874-1875 гг.
Шурфом №3 был вскрыт фундамент южного угла здания церквей Алексея Митрополита и Благовещения, построенных в 1680-1686 гг. на территории Чудова монастыря. Фундамент был сложен из белокаменных блоков на глиняном растворе (с проливками известковым раствором), среди которых имелись многочисленные целые (и в обломках) надгробия с резным декором.
Выполненное специалистами "СК РемCтройCервис» укрытие указанных шурфов обеспечило не только сохранность археологических объектов, но и возможность их экспонирования. Для этого было возведено монолитное основание, очерчивающее границы шурфа и не затрагивающее существующие исторические фундаменты. Укрытие шурфа представляет собой остеклённый закалённым стеклом проём размером 3х5м для шурфа №2 и 5,5х8м для шурфа №3 с обрамлением из естественного камня.
Для размещения технического оборудования, обеспечивающего освещение и микроклимат раскопа, устроено подземное сооружение с доступом через люк. В выделенном объёме также размещены вентиляционное оборудование, щиты слаботочных систем, дренажная насосная, датчик пожарной сигнализации. Через дверной проем в разделительной стене обеспечен доступ в зону шурфа для ведения научной работы и контроля за состоянием объекта экспонирования.